今日偶然気付いたのですが、Windows 8.1 や Windows Server 2012 R2 では、ログオンから5分後にやっとログオンスクリプトが実行されます。
（Windows 7 や Windows 8 では、ログオン直後に実行されます。）
この動作についてマイクロソフト社のサポートサイト（http://support.microsoft.com）に情報が出ていました。
不具合ではないようです。
Logon scripts do not run for five minutes after a user logs on to a Windows 8.1-based computer
※ URL 末尾の /en を /ja に書き換えれば、日本語版になります。機械翻訳ですが。
グループポリシー「ログオン スクリプトの遅延を構成する」の設定により、ログオン直後に実行させることも、任意の時間だけ遅延させることもできるようになっています。
この「遅延機能」の目的は、どうやらログオン時の処理を軽減し、デスクトップ画面表示を早めることのようです。
その意図するところは理解できなくもないのですが、ちょっとありがた迷惑ではないかと思います。